Een neveneffect van de trombolysebehandeling is dat de patiënt een aantal uren geen functionerende bloedstolling heeft. De behandeling mag daarom alleen worden toegepast bij mensen die op dat moment niet actief bloeden (bijv. een hersenbloeding) of geen verhoogd bloedingsrisico hebben.

Daarnaast zijn er nog een aantal andere contra-indicaties zoals recent een grote operatie, maagbloedingen, hersenbloedingen in de voorgeschiedenis, een verhoogde bloeddruk bij opname, of wanneer er sprake is van een snelle verbetering van de symptomen en er sprake is van een TIA.